มูลนิธิรากแก้ว เดิมชื่อ “มูลนิธิภูมิไชย” มีประกาศจัดตั้ง เมื่อวันที่ 7 มีนาคม 2550 โดยมี นายชัยอนันต์ สมุทวณิช เป็นประธานกรรมการคนแรก (พ.ศ. 2548 – 2554)
ต่อมา มูลนิธิมูลนิธิภูมิไชย ได้เปลี่ยนชื่อเป็น “มูลนิธิรากแก้ว” เมื่อวันที่ 16 สิงหาคม 2554 โดยมี ม.ร.ว. ดิศนัดดา ดิศกุล ประธานกรรมการมูลนิธิรากแก้ว (พ.ศ. 2554 – 2564) โดยมุ่งเน้นการทำโครงการของนิสิตนักศึกษา เน้นประโยชน์ที่ชุมชนจะได้รับ ไม่ใช่เพื่อการแข่งขัน เพื่อให้นิสิตนักศึกษาได้เข้าใจหลักการพัฒนาที่ยึดคนเป็นศูนย์กลาง และนำความต้องการของชุมชนเป็นที่ตั้ง ลงพื้นที่เพื่อเรียนรู้ปัญหาชุมชน และส่งเสริมการร่วมมือกันทำงานระหว่างคณะ/สาขาวิชา อย่างบูรณาการ
ในปี พ.ศ. 2558 มูลนิธิรากแก้วได้รับการประกาศเป็นองค์กรสาธารณกุศล ตามประกาศกระทรวงการคลังว่าด้วยภาษีเงินได้และภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นลำดับที่ 889 เมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2558
มูลนิธิรากแก้ว เชื่อมั่นว่า “สังคมที่ยั่งยืนในอนาคต ควรเกิดจากการสร้างสรรค์โดยคนรุ่นใหม่ เพื่อคนรุ่นใหม่” พลังของเยาวชนไทยมีศักยภาพที่ยิ่งใหญ่ สามารถสร้างการเปลี่ยนแปลงที่ดีขึ้นให้กับชุมชน สังคม และประเทศชาติได้อย่างมาก หากได้รับการส่งเสริม ให้โอกาสในการพัฒนาศักยภาพ และมีพื้นที่ให้แสดงออกอย่างเหมาะสม สามารถช่วยผลักดัน และสร้างแรงบันดาลใจให้เยาวชนปลดปล่อยศักยภาพที่สร้างสรรค์ได้อย่างเต็มที่ พร้อมสร้างการเปลี่ยนแปลงให้กับสังคมได้
เป็นองค์กรบูรณาการเครือข่ายภาคการศึกษากับภาคส่วนต่าง ๆ เพื่อสร้างประสบการณ์การเรียนรู้ให้เยาวชน สามารถร่วมขับเคลื่อนการพัฒนา และสร้างผลกระทบเชิงบวกทางเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน
ส่งเสริม สนับสนุน สร้างกระบวนการเตรียมความพร้อมและพัฒนาศักยภาพเยาวชนให้เป็นผู้นำรุ่นใหม่ที่เข้าใจปัญหาสังคม มีจิตสำนึกในการช่วยเหลือสังคม และสามารถนำความรู้ ความคิดสร้างสรรค์ ศักยภาพด้านต่าง ๆ มาพัฒนาโครงการที่ส่งเสริมศักยภาพ สร้างความเข้มแข็งให้กับชุมชน เพื่อสร้างผลกระทบเชิงบวกที่ดีขึ้นอย่างยั่งยืนทางเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม และช่วยลดความเหลื่อมล้ำในสังคมไทย