เดิมชื่อ “มูลนิธิภูมิไชย” จัดตั้งเมื่อ 7 มีนาคม พ.ศ. 2550
โดยมี นายชัยอนันต์ สมุทวณิช เป็นประธานกรรมการคนแรก
(พ.ศ. 2548 – 2554) โดยได้ดำเนินการโครงการ SIFE (Students in Free Enterprise) ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2547 เพื่อพัฒนานิสิตนักศึกษาให้เป็นผู้นำรุ่นใหม่ทีมีความรับผิดชอบต่อสังคม สามารถนำความรู้มาสร้างการเปลี่ยนแปลงที่เกิดประโยชน์ต่อสังคม
เมื่อวันที่ 16 สิงหาคม 2554 โดยมี ม.ร.ว.ดิศนัดดา ดิศกุล ประธานกรรมการมูลนิธิรากแก้ว (พ.ศ. 2554 – 2564) โดยมุ่งเน้นการทำโครงการของนิสิตนักศึกษา เน้นประโยชน์ที่ชุมชนจะได้รับ เพื่อให้นิสิตนักศึกษาได้เข้าใจหลักการพัฒนาที่ยึดคนเป็นศูนย์กลาง และนำความต้องการของชุมชนเป็นที่ตั้ง ลงพื้นที่เพื่อเรียนรู้ปัญหาชุมชน และส่งเสริมการร่วมมือกันทำงานระหว่างคณะ/สาขาวิชา อย่างบูรณาการ
ในปี พ.ศ. 2558 มูลนิธิรากแก้วได้รับการประกาศเป็นองค์กรสาธารณกุศล ตามประกาศกระทรวงการคลังว่าด้วยภาษีเงินได้และภาษีมูลค่าเพิ่ม เป็นลำดับที่ 889 เมื่อวันที่ 26 กุมภาพันธ์ 2558
พ.ศ. 2567 – ปัจจุบัน ผศ. นพ. เฉลิมชัย บุญยะลีพรรณ เป็นประธานกรรมการมูลนิธิฯ และนำประเทศไทยกลับเข้าร่วมเป็นสมาชิกเครือข่าย Enactus องค์กรไม่แสวงหากำไรระดับโลก โดยมูลนิธิรากแก้วเป็น ผู้บริหารงาน Enactus ประเทศไทย เพื่อสร้างพื้นที่การเรียนรู้ทักษะการเป็นผู้ประกอบการ เพื่อสังคมจากประสบการณ์และการลงมือทำจริงให้แก่เยาวชน โดยเชื่อมั่นว่า พลังของเยาวชนไทยมีศักยภาพที่ยิ่งใหญ่ สามารถสร้างการเปลี่ยนแปลงเชิงบวกให้กับชุมชน สังคม และสิ่งแวดล้อม โดยใช้พลังของธุรกิจ และความเป็นผู้ประกอบการเป็นกลไกในการขับเคลื่อนสู่ความยั่งยืน
เป็นองค์กรบูรณาการเครือข่ายภาคการศึกษากับภาคส่วนต่าง ๆ เพื่อสร้างประสบการณ์การเรียนรู้ให้เยาวชน สามารถร่วมขับเคลื่อนการพัฒนา และสร้างผลกระทบเชิงบวกทางเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน
ส่งเสริม สนับสนุน สร้างกระบวนการเตรียมความพร้อมและพัฒนาศักยภาพเยาวชนให้เป็นผู้นำรุ่นใหม่ที่เข้าใจปัญหาสังคม มีจิตสำนึกในการช่วยเหลือสังคม และสามารถนำความรู้ ความคิดสร้างสรรค์ ศักยภาพด้านต่าง ๆ มาพัฒนาโครงการที่ส่งเสริมศักยภาพ สร้างความเข้มแข็งให้กับชุมชน เพื่อสร้างผลกระทบเชิงบวกที่ดีขึ้นอย่างยั่งยืนทางเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม และช่วยลดความเหลื่อมล้ำในสังคมไทย
